A estrutura orgânica do IRE (ver organigrama) integra o Conselho de Administração (CA), a Direcção de Serviços de Emprego (DSE), o Centro Regional de Emprego (CRE), a Direcção de Serviços Administrativos e Financeiros (DSAF), o Gabinete de Apoio Jurídico (GAJ), o Gabinete de Actividades, Promoção e Imagem (GAPI), o Gabinete de Estudos e Planeamento (GEP), e os Serviços de Apoio (SA).